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L'homosexualité était admise dans la Grèce antique et largement répandue chez les romains. S'inspirant de l'ancien testament des hébreux, l'islam condamne, sans ambigüité, cette pratique sexuelle.
Pour aborder le thème, Mahomet reprend le mythe de Loth énoncé dans la bible :
Loth, neveu d'Abraham, habite à Sodome près de la mer morte. A l'instar de Gomorrhe, sa voisine, la ville est pervertie par le vice. Dieu, annonce à Abraham qu'il enverra deux anges pour juger de la situation. Loth les accueille mais les hommes de la ville encerclent la maison et menacent de les violer tous. Loth tente une négociation en proposant en échange ses deux filles "belles comme la lune". Au refus des hommes, les anges font appel à Dieu qui aveugle les agresseurs. Loth est, par le Seigneur, invité à quitter la ville qui sera détruite par le soufre et le feu.
L'homosexualité est dénoncé dans l'ancien testament et les évangiles : Jude 7 :8, Pierre 2 :6. Et la condamnation à mort est même explicite dans Lévitique 20 :13 et Romains 1 :32.
Mahomet reprendra l'interdit :
26:165 : "- Accomplissez-vous l'acte charnel avec les mâles de ce monde ? Et délaissez-vous les épouses que votre Seigneur a créées pour vous ? Mais vous n'êtes que des gens transgresseurs. Ils dirent : - Si tu ne cesses pas, Loth, tu seras certainement du nombre des expulsés. Il dit : - Je déteste vraiment ce que vous faites."
27:54 : "Et rappelle-leur Loth, quand il dit à son peuple : Vous livrez-vous à la turpitude (homosexualité) alors que vous voyez clair. Vous allez aux hommes au lieu de femmes pour assouvir vos désirs ? Vous êtes plutôt un peuple ignorant."
On notera que pour l'Islam l'homosexualité n'existait pas avant la création des villes de Sodome et Gomorrhe :
7:80 : "Et Loth, quand il dit à son peuple : - Vous livrez vous à cette turpitude que nul, parmi les mondes, n'a commise avant vous ? Certes, vous assouvissez vos désirs charnels avec les hommes au lieu des femmes ! Vous êtes bien un peuple outrancier."
29:28 :"Et Loth, quand il dit à son peuple : - Vraiment, vous commettez la turpitude où nul dans l'univers ne vous a précédés. Aurez-vous commerce charnel avec des mâles ? Commettrez-vous le blâmable dans votre assemblée ? Mais son peuple ne fit d'autre réponse que :- Fait que le châtiment de Dieu nous vienne, si tu es du nombre des véridiques. Il dit : - Seigneur, donne-moi victoire sur ce peuple de corrupteurs !"
21:74 : "Et Loth ! Nous lui avons apporté la capacité de juger et le savoir, et Nous l'avons sauvé de la cité où se commettaient les vices ; ces gens étaient vraiment des gens du mal, des pervers."
54:33 : "Le peuple de Loth traita de mensonges les avertissements. Nous lâchâmes sur eux un ouragan, excepté la famille de Loth que Nous sauvâmes avant l'aube",
En ce qui concerne la peine à appliquer à la faute, rien dans le Coran n'est clairement indiqué. Mais la sunna (règles coraniques) prescrit la peine de mort, le plus souvent par lapidation. Une peine qui continue d'être appliquée dans plusieurs pays musulmans : l'Arabie saoudite, l'Iran, le Nigeria, la Mauritanie, le Soudan et le Yémen. L'Iran affirme avoir suspendu l'usage de la lapidation pour l'application de la condamnation à mort des adultérins depuis 2002, ce qui est démenti par les faits et ne remet pas en cause la peine de mort concernant les homosexuels.
Le lesbianisme est aussi considéré comme un crime dans la plupart de ces pays ; les peines le concernant sont cependant en général moins sévères.
La transsexualité est en revanche tolérée comme une réparation clinique d'un déséquilibre entre l'âme et le corps de type hermaphrodite. Elle est légalement autorisée en Iran, en Turquie, et dans plusieurs autres pays à majorité musulmane.